沖縄科学技術大学院大学学園法
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初代学長兼理事長には国際的な物理学者であり、SLAC国立加速器研究所名誉所長のジョナサン・ドーファンが就任している。大学院大学学園は沖縄科学技術大学院大学学園法の規定による特別な学校法人として設置されている。通常の私立学校では、私立学校振興助成法に基づく国による補助が教育又は研究に係る経常的経費の二分の一以内の範囲で行われるが、当大学院大学では、同法に基づき、内閣府が予算の範囲内で運営費の二分の一を超えて補助できることとされている。
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沖縄科学技術大学院大学学園法は、沖縄科学技術大学院大学の設置及び運営に関し必要な事項を定めた法律である。この法律は、沖縄科学技術大学院大学の設置及び運営に関し必要な事項を定めることにより、沖縄を拠点とする国際的に卓越した科学技術に関する教育研究の推進を図り、もって沖縄の振興及び自立的発展並びに世界の科学技術の発展に寄与することを目的とする。
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沖縄科学技術大学院大学学園法に基づく学校法人沖縄科学技術大学院大学学園により運営され、予算のほぼ全額を政府からの補助金に拠っている。現在は、神経科学、数学・計算科学、化学、分子・細胞・発生生物学、環境・生態学、物理学、海洋科学に大別される7分野で学際的な研究を行っている。
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