メチルグリオキサル
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酵素と基質のリン酸基の間の水素結合は、そのような分解を立体電子的に不利にする。メチルグリオキサルは毒性があるため、もし形成された場合には、グリオキサラーゼシステムによって取り除かれる。活性部位に近い12番残基のリシンも、酵素の機能に不可欠であることが示唆されている。
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この反応はエンジオール中間体や反応過程のその他の遷移状態を安定化させる。反応を速度論的に可能にすることに加え、TPIのループは反応しやすいエンジオール中間体がメチルグリオキサルと無機リン酸に分解されるのを防ぐために隔離する。酵素と基質のリン酸基の間の水素結合は、そのような分解を立体電子的に不利にする。
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