フェムトモルオーダー
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これにより分子量の大きな高分子化合物の質量分析が可能となり、医学や生物学、特に生化学を中心とした分野に非常に大きな発展をもたらした。また、分析に必要なサンプル量がごく微量で良いという利点があり、ESI法を凌ぐフェムトモルオーダーから測定可能である。加えてサンプルの純度に対する要求性も比較的低い。
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ゲル内消化に特有の利点としては、ポリアクリルアミドのゲルが微量のタンパク質の取り扱い容器として優れていることがあげられる。しばしばフェムトモルオーダーという微量なタンパク質を取り扱うことになるが、タンパク質がチューブやピペットチップなどの表面に吸着して失われてしまうリスクがある。しかしゲル中に捉えられた状態ならばこうした問題は起きにくい。
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